Je propose ici dans la liste pas un site, mais un logiciel libre multi plateforme: Inkscape.

Il fait très bien les QR code et c'est pas trop connu. Qualité vectoriel, avec de nombreuses options.

Des tutos (en anglais) existent sur le sujet:
- https://daviesmediadesign.com/how-to-generate-qr-codes-in-inkscape/
- https://www.goinkscape.com/how-to-make-qr-codes-in-inkscape/